По преданию основание города связано с именем Тамерлана (Темир-Хана). В 1396 г. войско Тамерлана, возвращаясь из похода на Золотую Орду и Русь, стояло лагерем у озера, названного горцами Темир-Хан-Шура. Шура – по кумыкски «озеро», т.е. все вместе «озеро Тамерлана». (Озеро осушено в 1854 г.).
Город выгодно расположен у горных проходов во внутренние районы Дагестана и в 1834 г. близ аула построены русские военные укрепления – крепость Темир-Хан-Шура. Город с 1866 г.
В 19 веке, особенно после окончания Кавказской войны, город привлекал к себе внимание деятелей культуры. В Темир-Хан-Шуре были поэты и писатели А.И. Полежаев, А.А. Бестужев-Марлинский, художники Ф.Т. Рубо, И.К. Айвазовский, Н.А. Ярошенко, писатель А. Дюма-отец и др.
В ноябре 1920 г. в Темир-Хан-Шуре провозглашена автономия Дагестана. В 1922 г. город переименован в честь участника борьбы за советскую власть в Дагестане Уллубия Д. Буйнакского (1890-1919 гг.).
В городской центральной библиотеке открыта книжная выставка посвященная 160-летию города Буйнакск.